לאחר מלחמת ששת הימים (1967) הממשלה החליטה לבנות שכונה חדשה בצד חברון העתיקה וכינתה אותה בשם העתיק 'קריית ארבע'. הממשלה הגיעה עם הזמן להחלטה נוספת להקים בסמוך לשכונה ישיבה גדולה שכונתה "ישיבת ניר" על שם התורם שמימן את הקמתה.

הפרוגראמה הפונקציונאלית של הישיבה הביאה בחשבון מוסד שיכלול אולם נרחב המיועד ל 300 לומדים; אולם נוסף צנוע יותר המיועד לכ- 100 אברכים (תלמידים נשואים) ועוד 4 כיתות המיועדות לתלמידים הצעירים (ישיבה קטנה) . לחללי הלימוד נוספו חדר אוכל ל 200 סועדים (מביאים בחשבון חלוקת התלמידים לשני תורים של סועדים) עם מטבח ומחסנים המותאמים למספר הסועדים. לכל אלה נוספה מלתחה שנועדה לקלוט תיקים ומעילים של התלמידים בעת נוכחותם במסגרת הישיבה, וכן שירותים שונים ככל שיידרשו.

הפרויקט המקורי צפה בניית מבני פנימיות לכ 200 תלמידים באופן מדורג על הגבעה הפונים אל חצרות פנימיות קטנות במטרה ליצור פתרון אורבאני גמיש עם מאפיינים של קָסְבָּה.

קומפלקס הפנימיות בן קומה אחת היה אמור לחבוק את מבנה הלימודים הניצב במרכז – פתרון זה לא בוצע בסופו של דבר מסיבות ביטחוניות ובמקומו נבנו שלושה מבני פנימיות בני שלוש קומות כ"א, כך שהשליטה הביטחונית עליהם היתה טובה יותר.

מבנה הישיבה תוכנן כך שיוכל לאכלס גם סמינרים וכינוסים אקדמיים מחד גיסא וירחי כלה מאידך גיסא וזאת בתקופת הקיץ כשאין מתקיימים הלמודים הסדירים של בחורי הישיבה.

קאסוטו מציין: "המבנה הראשי מעורר תחושה של מכובדות ועלה בדעתי לתת לו אזכור צורני של מערת המכפלה מבלי לוותר על ההיבט החזותי בן ימינו. מה שאנו רואים היום הינו תוצאה של כוונות אלו".