בית כנסת 'כלל ישראל' בניצן היה אמור להיבנות כמבנה רביעי במקבץ בתי הכנסת של מפוני גוש קטיף בניצן (ראו עמ׳ XXX). תושבי ניצן הוותיקה החליטו לא להוות חלק ממקבץ קהילתי זה אלא לייצג את גבורת ניצנים במלחמת השחרור ולכן התנתקו ממקבץ בתי הכנסת והחליטו למקם את המבנה שלהם בגבעה ההיסטורית של היישוב.

בית הכנסת נועד לציבור רב-פנים ולא מזוהה ליטורגית או פוליטית המונה200 מתפללים גברים ו-150 נשים. במבנה הוקצה שטח לבית מדרש קטן לכ-60 לומדים שיכול לשמש גם בית כנסת ליום יום וחדר נוסף נועד בקומת הכניסה ל-30 נשים מבוגרות או עם עגלות ילדים.

בית הכנסת הינו מבנה המכוון בצורה מובהקת למזרח, הכניסה אליו צירית להיכל,  דרך מבואה בעלת קווי מתאר חופשיים החודרים לחלל בית הכנסת. התוכנית נוצרת על ידי שני ריבועים הנשענים זה על זה בהסטה של 90 מעלות זה מזה.

עזרת הנשים מקיפה את החלל משלושה כיוונים. שתי מרפסות משולשות סמוכות לעזרת הנשים מיועדת למשחקי הילדים.

שתי דפנות מוּטּוֹת "צומחות" מגג עזרת הנשים ומכסות את עזרת ישראל, בהן נקבעו חלונות המטילים אור בזיליקאלי אל מרכז החלל. הקירות המוטים מסתיימים בשתי קורות המחברות את מקום הכניסה עם ההיכל. בין שתי הקורות קמרון שקוף המדגיש את כוון התפילה.

למבנה בית הכנסת חתך ייחודי המדגיש את התנשאות החלל אל המרכז והמראה את עזרת הנשים המדורגת המאפשרת צפייה נוחה למתהווה בעזרת ישראל.

המבנה מוקף בניינים שהיו שייכים לניצנים ההיסטורית שחלקם עוברים תהליך שימור. בניינים אלו ממסגרים היטב את המבט לכניסה לבית הכנסת. החלל הפנימי מאד ברור ומזמין ומשמש כתיבת תהודה אקוסטית. גג הרעפים מקנה למבנה ביטוי כפרי המתבקש מהקונטקסט ההסטורי והחברתי.